本发明公开了一种薄膜包衣材料及其制备方法和应用,该制备方法步骤如下:将取代度为0.01-0.30、分子量为1×106-5×104g/mol的辛烯基琥珀酸淀粉酯加水配成淀粉乳并充分糊化,随后添加分子量为3.0×106-1×104g/mol的海藻酸钠和食品级增塑剂,经高压微射流均质处理,然后在70-90℃下加热1-4h,得到包衣材料。该复合薄膜包衣材料具有小肠靶向控释特性,用于生物活性物质的小肠靶向释放,可有效避免生物活性成分在胃中失活的难题。