古代分权制发展到现代遇到了主权论者的挑战,主权论者认为权力不可分割,即使在古代,权力也只掌握在一个阶级即贵族阶级手上。为应对主权论者的挑战,新的分权理论应运而生,它用于解释即使权力掌握在一个阶级手上,但它仍然制度性地分散到各个国家机构中去的现实,这就是现代西方的"机构分权"论。对于这一理论,洛克贡献了立法权与行政权的分立,孟德斯鸠贡献了司法权的独立,美国践行了三权分立原则。