肠道病毒68型分离株VP1区序列分子进化研究

作者：卢正祥; 姚学君; 陈国清; 李峰; 管书慧^*; 张红军^*

来源：江苏预防医学, 2022, 33(04): 375-378.

DOI：10.13668/j.issn.1006-9070.2022.04.002

• 肠道病毒68型
• 密码子偏爱性
• 选择压力

目的 探索肠道病毒68型(Enterovirus D68,EV-D68)分离株VP1区序列分子流行病学特征和毒株遗传进化规律。方法 应用生物信息学软件，分析EV-D68分离株密码子偏爱性、选择压力位点和氨基酸置换熵值。结果 EV-D68分离株VP1区序列ENC均值为46.27,密码子偏爱A/U结尾，ENC-Plot绘图、中性绘图和奇偶规则绘图等分析显示自然选择是影响密码子使用模式的主要因素。发现2个正向选择位点和5个氨基酸易突变位点。结论 EV-D68分离株密码子偏爱性较弱，毒株进化整体处于负选择压力下，以自身进化为主，受自然选择压力影响。