民办高职院校在进行思想政治教育的过程中从领导层面到执行层面都面临着一系列的现实困境,从思想政治理论课程改革的视角分析思想政治理论课与党团工作的一致性、与学生工作的共通性、与专业课程的互通性,构建价值认同机制、多元主体协同育人机制和保障机制有助于充分发挥思想政治教育的教育作用和育人功能。