本发明公开了一种侧链硅氧烷功能化聚氨酯涂料及其制备方法与应用,属于海洋防污材料技术领域。所述的侧链硅氧烷功能化聚氨酯涂料,由以下重量份数的各组分组成:侧链硅氧烷功能化聚氨酯树脂90~95份;防污剂5~10份;溶剂300~600份。本发明在侧链双键功能化可降解聚氨酯侧链上引入可以与经过活化的橡胶表面的极性基团产生界面键合的硅氧烷官能团,能够有效提高侧链硅氧烷功能化聚氨酯涂层与橡胶表面的粘附效果且此效果可以通过控制硅氧烷的引入量加以控制。