藏猪呼吸道疾病临床样本中病毒的宏基因组学分析

作者：范燕迪; 杨丹娇^*; 叶忠明; 张敏; 蓝岚; 王靖皓; 周菡; 康润敏; 于吉锋; 张志东; 李彦敏; 周泷^*

来源：畜牧兽医学报, 2023, 54(09): 3836-3847.

• 藏猪
• 呼吸道疾病综合征
• 病毒宏基因组
• 重组分析

为了解我国川西高原地区藏猪呼吸道疾病综合征(porcine respiratory disease complex, PRDC)相关病毒的种类和流行情况，本研究从四川省甘孜藏族自治州地区采集藏猪呼吸道样本共计119份，其中健康藏猪鼻拭子66份(来自6个猪场),PRDC明显症状的藏猪鼻拭子、肺组织及肺泡灌洗液53份(11个猪场)。将健康组和发病组样本制成两个pool样提取总核酸反转录成cDNA,建库后使用Illunima novaseq测序。经序列分析表明，健康藏猪呼吸道样品主要以细菌噬菌体为主，动物相关病毒仅检测到疱疹病毒科(Herpesviridae)的mardivirus。发病组样本的病毒种群包括14个病毒科的16种病毒，可引起PRDC的病毒有猪圆环病毒2型(PCV-2)、细环病毒(TTSuV)、猪细胞巨化病毒(PCMV)和非洲猪瘟病毒(ASFV)等。使用SOAPdenovo软件组装出两株PCV-2,三株TTSuV和一株Porprismacovirus的全基因组。遗传演化分析结果显示，两株PCV-2属于PCV-2d亚型，三株TTSuV均属于k2型，其中SCgz-1属于k2b亚型，SCgz-2和SCgz-3属于k2a亚型。Porprismacovirus毒株与越南的人源Human 16806x66＿213毒株聚为单独一分支，而与猪源毒株则遗传距离较远。RDP4重组分析显示，该毒株为人源Human 16806x66＿213毒株和猪源Porcine 17668x82＿593毒株的重组毒株，该重组方式在国际上未见报道。本研究首次对川西高原地区藏猪的呼吸道相关病毒开展调查研究，发现藏猪呼吸道疾病相关病毒种类繁多，并存在不同家畜间、人和家畜间跨种传播的可能，应予以更多关注。同时，本研究也为藏猪呼吸道疾病的防控提供参考。

• 单位
  西南民族大学; 甘孜藏族自治州畜牧业科学研究所; 四川省畜牧科学研究院