猪PRKAA1基因相关LncRNAs的筛选及其在组织中的表达分析

作者：吴小敏; 倪锴; 朱晓锋; 谌颖莲; 赵佳福; 许厚强^*

来源：农业生物技术学报, 2020, 28(02): 232-241.

• PRKAA1 (protein kinase, AMP activatedα1)
• LncRNA
• 差异表达
• 肉质性状
• 脂肪沉积

PRKAA1 (protein kinase, AMP activatedα1)在脂肪代谢、细胞增殖和脂肪形成等过程具有重要的调控作用。为探究PRKAA1基因相关长链非编码RNAs (long noncoding RNAs, Lnc RNAs)的表达规律,本研究以贵州脂肪型猪种从江香猪(Sus scrofa)和商品型猪种约克夏(S. scrofa)为研究对象,根据猪PRKAA1 m RNA (Gen Bank No. XM021076521)的3’UTR序列,利用NCBI和NONCODE (http://www.noncode.org/)对PRKAA1相关的Lnc RNAs进行筛选;对筛选的Lnc RNAs克隆并对序列二级结构、ORF、与PRKAA1作用的靶位点以及调控的mi RNAs等进行预测;以q RT-PCR技术检测所筛选Lnc RNAs在从江香猪和约克夏各组织中的表达情况。选择NONSUST030689.1 (命名为ALNC1)和NONSUST004358.1 (命名为ALNC2)两条候选Lnc RNAs进行研究;克隆测序发现ALNC2对比原序列增加了46 bp;ALNC1具有4个ORFs,ALNC2具有5个ORFs;此外,ALNC1和ALNC2与PRKAA1作用的靶位点各1个;预测出能与Lnc RNA结合的mi RNA (micro RNA)主要有mi R-1226-5p、mi R-487b-5p、mi R-7156-5p等;q RT-PCR检测结果显示,2条Lnc RNAs在从江香猪和约克夏各组织中均普遍表达,各组织间表达差异明显;ALNC1与ALNC2在从江香猪肝脏和脾脏中表达最高,背最长肌中最低;在约克夏大肠和肺脏中表达最高,背最长肌中表达最低;ALNC1在从江香猪肝脏、脾脏、小肠、脂肪和背最长肌的表达量极显著高于约克夏(P<0.01),心脏和大肠中表达量低于约克夏(P<0.01),在肺脏和肾脏中约克夏与从江香猪的表达差异不显著。ALNC2在肝脏、肾脏、背最长肌表达量极显著高于约克夏(P<0.01),心脏、肺脏、大肠、小肠中表达量极显著低于约克夏(P<0.01);脂肪中显著低于约克夏(P<0.05),脾脏中表达差异不显著。本研究结果可为深入探讨PRKAA1及相关Lnc RNAs在猪脂肪沉积中的调控作用提供基础资料。

• 单位
  生命科学学院; 动物科学学院; 贵州大学