鼠伤寒沙门菌伴侣蛋白Hfq与oppA mRNA 5′ UTR结合位点的预测与验证分析

作者：张家莉; 潘永; 杨阳; 令狐远凤; 杨琦^*

来源：中国兽医学报, 2023, 43(07): 1434-1449.

DOI：10.16303/j.cnki.1005-4545.2023.07.11

• 鼠伤寒沙门菌
• Hfq
• 5′UTR
• oppA

OppA与鼠伤寒沙门菌氨基酸和肽的摄取有着重要的关系，oppA mRNA是已验证受Hfq伴侣蛋白依赖型小RNA GcvB转录后调控的靶标，GcvB与oppA mRNA的作用机制已经确认，但Hfq与oppA mRNA之间的互作机制尚未明确。为明确Hfq与oppA mRNA潜在的作用位点，分析Hfq与oppA mRNA (ARN)n基序的作用关系。本研究利用5′-RACE验证oppA mRNA转录起始位点和oppA mRNA 5′UTR,使用Mfold软件预测oppA mRNA部分序列的二级结构并根据(ARN)n基序的特征筛查oppA mRNA 5′UTR的ARN基序，利用λ-Red同源重组技术构建oppA mRNA不同(ARN)n基序敲除和突变的lacZ基因融合菌株，通过qRT-PCR试验和β-半乳糖苷酶试验的检测oppA的转录水平和蛋白表达量的变化。经验证oppA mRNA 5′UTR长度为159 bp,在oppA mRNA 5′UTR中预测到2个Hfq结合偏好型基序ARN-1和ARN-2。对ARN-1和ARN-2基序分别或同时敲除或点突变，oppA mRNA的转录水平和蛋白水平的变化呈现相似的结果。与Western blot相比，oppA基因转录和蛋白水平总体呈下调趋势。综上所述，经预测的ARN-1和ARN-2基序与Hfq转录后负调控oppA mRNA的作用机制无明显的关联，推测其为oppA mRNA翻译所需元件。

• 单位
  动物科学学院; 贵州大学; 贵州省农业科学院