庄存与重视经学研究,五经皆有论著。他融经、史、子于一炉,即经即史,于经阐释义理,于经反映历史。这有别于章学诚"六经皆史"说,是他的经学特色。他所著的《尚书既见》是即经即史的代表作。该书就经学言,以经证经,兼用今文、古文、逸《尚书》以及《书序》《诗经》《孟子》等经典;阐释义理,包括提倡大一统思想,强调理想的君臣关系等;就史学言,论述周公一些事迹,强调周公没有践祚称王或摄政当国。他提出成王即位已不年轻的看法,具史学洞见。他对周公一些事迹的考证不合史实,是他史学研究的不足。