银杏BBX家族生物信息学鉴定及表达分析

作者：王立芹; 曹振玉; 何长流; 王小青; 李路文; 杨美玲

来源：湖南农业科学, 2022, (11): 8-14.

DOI：10.16498/j.cnki.hnnykx.2022.011.002

• 银杏
• BBX转录因子
• 表达分析
• 生物信息学

转录因子B-box(BBX)属于锌指蛋白家族的一个亚家族，在植物生长、发育和非生物胁迫响应途径中表现出多种生物学功能。该研究根据基于隐马尔可夫模型(HMM)的图谱(B-box型锌指结构域，PF00643)，使用SMART和Pfam数据库筛选和验证了银杏(Ginkgo biloba)全基因组注释蛋白质，从中鉴定出12个GbBBX基因，并对GbBBX蛋白成员的保守结构域、基因结构、系统发育关系和组织表达谱进行了分析。结果表明：GbBBX蛋白家族包含1～2个保守的B-box型锌指蛋白结构域和1个CCT型结构域；GbBBX基因家族的外显子数量在1～5个之间，75%的家族成员外显子数量为3或5个；与拟南芥和番茄的BBX蛋白构建的邻接(NJ)系统发育树显示，大部分的GbBBX蛋白被聚集在进化枝I中，而拟南芥和番茄的BBX蛋白聚集在其他4个进化枝中；GbBBX在植物发育、激素和胁迫反应相关途径中富集；GbBBX基因在各组织中组成型表达，推测 GbBBX基因可能参与了银杏各组织的生长发育调控。