基于单核苷酸多态性的甘肃省鼠疫耶尔森菌基因分型研究

作者：何爱伟; 郭丽民^*; 席进孝; 王世明; 苗克军; 吴斌; 徐大琴; 王平贵

来源：中华地方病学杂志, 2022, 41(11).

• 单核苷酸多态性
• 鼠疫耶尔森菌
• 基因分型

目的探讨基于单核苷酸多态性(SNP)的甘肃省鼠疫耶尔森菌(简称鼠疫菌)的基因分型及其地区分布特征。方法选取1962 - 2017年甘肃省喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地和阿拉善黄鼠鼠疫疫源地分离的52株鼠疫菌, 培养并提取基因组DNA, 进行Illumina PE150二代测序, 鉴定鼠疫菌SNP位点。基于SNP位点, 采用Mega 10.0软件中邻接法的Kimura-2-parameter模型确定甘肃省鼠疫菌种群特征, 并对群内菌株采用最大似然法的Hasegawa-Kishino-Yano模型构建分子进化树。结果甘肃省52株鼠疫菌共鉴定出103个SNP位点, 其中, 基因间区位点28个, 非同义突变位点43个, 同义突变位点31个, 无义突变位点1个。52株鼠疫菌划分为2个生物型3个群, 分别为古典型(1.IN2、3.ANT), 中世纪型(2.MED)。其中, 35株属于1.IN2群, 13株属于3.ANT群, 4株属于2.MED群。1.IN2群内菌株进一步划分为肃北县鱼儿红乡、党城湾镇, 肃南县马蹄乡、大河乡, 夏河县5个亚群。3.ANT群内菌株进一步划分为阿克塞县红柳湾镇和肃北县党城湾镇马场2个亚群。结论 SNP方法能够对甘肃省不同鼠疫疫源地的鼠疫菌进行基因分型, 且具有一定的区域性特征。

• 单位
  甘肃省疾病预防控制中心