基于生物信息学方法的SARS-CoV-2和MERS-CoV差异表达基因分析

作者：贾钧儒; 屈畅; 付静璇^*; 安海龙^*

来源：军事医学, 2020, 44(10): 746-754.

• 表达差异分析
• 严重急性呼吸综合征冠状病毒2
• 中东呼吸综合征冠状病毒
• 肿瘤坏死因子信号通路
• 肿瘤坏死因子α诱导蛋白3

目的旨在筛选严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)感染人体后的关键基因,探究其发病机制,为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的诊疗提供理论依据。方法对SARS-CoV-2和中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)感染人体后的基因表达进行差异分析,通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)富集分析差异基因或蛋白的功能注释和信号通路。在Cytoscape中构建SARS-CoV-2差异基因的蛋白相互作用网络,通过权重值(weight)比较选取前30作为关键基因。结果发现肿瘤坏死因子(TNF)信号通路在MERS-CoV感染的多个时间点及SARS-CoV-2中均有显著富集,并发现TNF信号通路的相关基因肿瘤坏死因子α诱导蛋白3(TNFAIP3)在差异基因中连接性较强。结论对MERS-CoV和SARS-CoV-2差异基因表达进行分析,找出SARSCoV-2的关键基因TNFAIP3,推测通过调节其表达水平从而抑制炎症反应,为缓解或治疗COVID-19提供新的思路。

• 单位
  河北工业大学