科研之友
微信
新浪微博
Facebook
分享链接
摘要
目的 应用生物信息学方法筛选妊娠糖尿病（GDM）关键基因，并探讨其诊断价值。方法 从基因表达数据库（GEO）下载与GDM相关的微阵列数据（GSE103552数据集）。采用R软件中的“limma”程序包筛选对照组和GDM组差异表达基因，使用R软件中的“Clusterprofiler”程序包对差异表达基因进行基因本体（GO）和京都基因与基因组数据库（KEGG）富集分析，使用WGCNA输出模块基因，取模块基因与差异表达基因的交集确定特征差异基因。通过STRING在线网站和Cytoscape软件构建特征差异基因蛋白互作网络，并筛选关键基因。采用R软件分析关键基因表达水平，采用受试者工作特征（ROC）曲线评价关键基因诊断GDM的效能。结果 GSE103552数据集包含17例对照者样本和20例GDM患者样本，共筛选出118个差异表达基因，其中表达上调65个、表达下调53个；差异表达基因多富集于细胞外基质组织、细胞外结构组织和DNA构象变化反应，主要调控RNA转运和味觉转导等通路。共确定33个特征差异基因。通过蛋白互作网络确定的5个关键基因（ANKRD36C、CLK1、LUC7L3、NKTR和RSRP1）均在GDM患者中呈高表达，诊断GDM的曲线下面积均>0.8。结论 基于GEO数据库共获得5个与GDM相关的高表达关键基因，为GDM诊断、预后和治疗提供了新方向。
- 单位
