基于RAD-seq技术的花红SSR信息分析

作者：宋莎; 冯建文; 吴亚维; 罗昌国^*; 韩秀梅

来源：贵州农业科学, 2019, 47(11): 103-106.

• 花红
• RAD-seq
• SSR标记
• 贵州
• 云南

为花红新型分子标记引物的筛选提供序列参考,采用RAD-seq(restriction-site associated DNA sequencing)技术对收集的10份花红(Malus asiatica Nakai.)样品进行简化基因组测序、聚类分析等种质鉴定。结果表明:10个样品共获得13 976 968 360个原始数据(Clean date),过滤后高质量的原始数据占总量的98.18%;经序列分析获得SSR位点40 623个,成功设计SSR引物37 141对,设计率为91.43%,其中以二核苷酸重复基序最为丰富,占总位点数的68.10%;10对备选SSR引物中筛选出可在花红中成功扩增并表现出多态性的引物有7对;聚类分析可有效区分出10份花红资源,并能将贵州省的8份资源和云南省的2份资源区分开。

• 单位
  贵州省农业科学院