基于转录组测序的脓毒症休克转录因子挖掘及验证

作者：林爽; 白永江; 马骏麒^*

来源：新疆医科大学学报, 2021, 44(12): 1311-1322.

• TLRs样受体家族
• 脓毒症休克
• 基因测序

目的通过mRNA高通量测序探讨脓毒症患者转为脓毒症休克的分子机制。方法选择2019年6月—2021年6月在新疆医科大学第四附属医院急诊科住院诊断为脓毒症患者70例作为研究对象,根据随访患者病情及预后,分为脓毒症休克组、脓毒症非休克组,每组35例。分析两组一般情况、感染指标方面的差异,通过Illumina测序平台,每组选取10例患者外周全血样本进行mRNA转录组测序,分析筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行基因本体(gene ontology,GO)及基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)数据库富集分析,经蛋白质网络互作分析,筛选关键基因,进一步扩大样本至测序例数的两倍,并采取实时荧光定量检测(qPCR)法进行验证。结果两组一般情况中年龄、体重比较,差异无统计学意义(P>0.05);两组白细胞介素-6、降钙素原、C-反应蛋白比较,差异具有统计学意义(P<0.05);通过筛选共获得28 543个差异基因(P<0.05),其中下调基因1 126个,上调基因1 053个;差异基因分析结果显示,排名前十的STAT1、MYD88及JUN2均为Toll样受体信号通路(toll like receptors, TLRs)相关基因;GO及KEGG富集分析发现,NOD样受体信号通路、TLRs信号通路、RIG-1样受体信号通路等与脓毒症的发生、发展相关;对TLRs信号通路进行蛋白质网络互作分析,筛选出该通路关键基因,对MYD88、JUN、CXCL10、STAT1 4个基因进行qPCR验证,结果与转录组分析一致。结论脓毒症患者的炎症反应可能与人体天然免疫系统的TLRs通路异常有关,MYD88、JUN、CXCL10、STAT1是导致脓毒症发展为脓毒症休克的关键基因,可为进一步研究脓毒症休克的发病机制奠定基础。

• 单位
  新疆医科大学