本发明公开了一种电网不平衡下有功二次脉动抑制的直接电流指令计算方法,其特征是:首先用对称分量法对PWM整流器网侧三相不平衡电压进行正负序分离,再在三相静止坐标系下计算获得负序指令电流,将所述负序指令电流和原有的正序指令电流相加获得实际指令电流。本发明有效抑制了在电网电压不平衡时整流器有功功率和直流侧电压的二次脉动,简化了指令电流的计算,提高了系统的响应速度和控制效果。