华重楼种子休眠解除过程中的转录组分析

作者：张成才; 高真; 罗丽娜; 张子璇; 王将; 卢富华; 向增旭^*

来源：中药材, 2020, 43(09): 2124-2131.

DOI：10.13863/j.issn1001-4454.2020.09.009

• 华重楼
• 休眠解除
• 转录组
• SSR标记
• 功能注释

目的:分析华重楼种子休眠解除前后基因表达谱的变化情况,为探究其种子休眠解除相关基因提供基础数据。方法:对解除休眠前后的种胚分别取样,采用转录组测序技术进行测序分析。结果:产生24.46 Gb原始数据,组装并去冗余后拼接出Unigenes 262 556条,注释到7大功能数据库(GO、KEGG、KOG、NR、NT、Pfam、Swiss-Prot),分别有123 077(NR:46.88%)、41 785(NT:15.91%)、87 811(Swiss-Prot:33.44%)、118 996(KOG:45.32%)、97 738(KEGG:37.23%)、61 387(GO:23.38%)以及103 057(Pfam:39.25%)条Unigene得到功能注释。通过GO分类和KEGG Pathway富集性分析,分别归于58个GO类别和168条代谢途径。DEG分析结果显示,种子在休眠解除过程中,上调DEG数目(56 426)显著大于下调DEG数目(12 822)。在对华重楼种胚休眠解除前后的样品进行转录组测序中发现28 491个SSR位点,最多的为二核苷酸SSR,为16 093个。结论:华重楼种子休眠解除过程中有多个基因参与、多个生物过程协同调控,这些注释信息的完成为华重楼种子休眠解除相关候选基因的挖掘提供了数据资源。

• 单位
  南京农业大学; 中国医学科学院药用植物研究所