基于生物信息学探讨IFIH1和SAMD9L在胶质母细胞瘤抗肿瘤免疫中的作用

作者：侯波; 孙冬雪; 宋飞龙; 张赛; 涂悦; 王振国; 滕川^*

来源：临床肿瘤学杂志, 2021, 26(05): 430-436.

• 胶质母细胞瘤
• 免疫
• IFIH1
• SAMD9L
• 生物信息学

目的通过生物信息学数据库筛选及分析,并结合临床验证,探讨胶质母细胞瘤(GBM)的基因表达变化及其可能的作用机制。方法在GEO数据库检索GBM基因数据集,通过GEO2R在线工具处理,将各数据集的基因进行韦恩图分析,筛选出差异基因(DEGs)。利用String网站构建DEGs蛋白互作(PPI)网络图,并进行功能富集分析;采用Cytoscape软件MCODE插件识别PPI网络中的关键模块、CytoHubba插件筛选PPI网络中的Hub基因。在GEPIA网站观察Hub基因的表达水平及其对生存率的影响。以2017年6月至2019年12月经手术切除且病理证实的GBM患者40例为研究组,15例正常人为对照组。采用ELISA法检测两组血清干扰素β(IFN-β)、趋化因子C-X-C配体10(CXCL10)、干扰素诱导蛋白44样(IFI44L)和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)含量;采用实时荧光定量PCR测定GBM组织及瘤周正常组织中的基因表达水平,并对其进行相关性分析。结果纳入GSE2223、GSE4290及GSE15824三个数据集,筛选出83个DEGs。共识别出8个Hub基因,其中IFIH1和SAMD9L对患者生存率有潜在影响,且两者呈正相关(r=0.86,P<0.001)。GBM患者血清IFN-β、CXCL10、IFI44L和TNF-α含量均高于对照组(P<0.001)。GBM组织中SAMD9L表达量明显高于瘤周正常组织(6.00±2.98vs.1.06±0.49,P<0.001),IFIH1表达量亦明显高于瘤周正常组织(4.05±1.90vs.1.01±0.57,P<0.001),且GBM组织中IFIH1和SAMD9L表达量呈正相关(r=0.663,P<0.001);IFIH1、SAMD9L基因表达与血清IFN-β、CXCL10、IFI44L含量均呈正相关(P均<0.05)。IFIH1、SAMD9L高表达组的中位OS分别为16.5个月、17个月,均低于低表达组(P<0.05)。结论 GBM患者IFIH1和SAMD9L基因表达上调且存在相关性,并降低了生存率;两者与机体抗肿瘤免疫系统激活密切相关,可能是免疫治疗GBM的新靶点。

• 单位
  淄博市第一医院