阿丁枫全基因组Survey分析

作者：丁淑金; 原晓龙; 耿云芬^*; 王毅^*; 张汉尧; 马福仙; 张劲峰

来源：分子植物育种, 2023, 1-11.

• 阿丁枫
• 流式细胞术
• 全基因组Survey分析
• 基因组大小

阿丁枫(Altingia chinensis)是园林绿化观赏及药用树种，也是培养香菇的优良材料。该研究将已知基因组大小的玉米作为对照，采用流式细胞术估算阿丁枫基因组大小，然后利用高通量测序技术对阿丁枫基因组进行survey分析。研究结果如下：(1)通过流式测定阿丁枫基因组大小约为655.26±19.56Mb；(2)高通量测序获得原始数据33.34Gb，处理后得到约28.71Gb的Clean data，数据质量良好；(3)k-mer分析预估阿丁枫基因组为高杂合基因组，基因组大小为650.77Mb左右，杂合度为2.2%左右，GC含量为37.40%。分析阿丁枫基因组大小、杂合度、重复序列比例等基本信息，为制定阿丁枫的全基因组de novo测序策略提供有效依据。

• 单位
  西南林业大学; 云南省林业科学院