基于DNA芯片的细菌基因表达谱技术的建立与评价

作者：庞昕; 韩延平; 周冬生; 宋亚军; 张玲; 翟俊辉; 王津; 郭兆彪; 杨瑞馥

来源：中华微生物学和免疫学杂志, 2006, (02): 179-184.

• DNA芯片
• 细菌
• 基因表达谱

目的建立和优化基于全基因组DNA芯片的细菌基因表达谱技术,并用实时定量RT-PCR对此技术平台进行评价。方法提取并纯化鼠疫耶尔森菌总RNA,以六核苷酸随机引物(N6)和/或基因组特异引物(GDP)逆转录合成cDNA,用CY染料直接或间接标记后,与包括鼠疫耶尔森菌4005个ORF的全基因组芯片杂交,通过芯片扫描仪获得表达谱分析结果,归一化后进行分析。结果用实时定量PCR技术验证。结果采用N6+GDP混合引物以间接法标记获得了较为理想的结果,表达谱技术与实时定量PCR技术所得结果高度相关,证明了此技术的可靠性和实验设计与数据分析的合理性。结论合理的设计和归一化的分析方法是基于DNA芯片的细菌基因表达谱分析成功的关键,该技术的建立为细菌功能基因组研究奠定了基础。

• 单位
  病原微生物生物安全国家重点实验室; 军事医学科学院