RNA-Seq技术筛选APP/PS1阿尔茨海默病模型小鼠差异表达基因及功能分析

作者：史长华; 张玲; 陈巍; 付信靖; 秦川^*

来源：中国比较医学杂志, 2018, 28(10): 1-7.

• 阿尔茨海默症
• 小鼠模型
• 转录组测序技术
• 差异表达基因

目的分析阿尔茨海默病(AD)模型小鼠前额叶皮层的差异表达基因,从转录组水平揭示AD的发病机制。方法本研究随机选取9月龄雌性APP swe/PS1ΔE9(PAP)的模型小鼠和野生型C57BL/6 J小鼠各5只,提取前额叶皮层组织RNA,用Illumina HiSeq 3000测序。采用edgeR软件进行表达差异显著性分析。分析AD组和对照组基因表达变化,并采用qRT-PCR对其中6个关键差异表达基因进行验证。然后对差异表达基因进行聚类分析、GO功能富集分析、KEGG通路富集分析。结果在AD组与对照组之间发现224个差异表达基因(P<0.05,|logFC|> 1.0),其中205个基因上调,19个基因下调。6个关键基因qRT-PCR验证结果与RNA-Seq趋势一致。GO功能富集分析结果表明,这些差异表达基因与免疫反应、炎症反应、趋化因子活动以及IgG结合等有关;KEGG通路富集分析结果表明,这些基因参与吞噬、溶酶体、Toll样受体信号通路、细胞因子受体相互作用、NF-κB信号通路等重要生物学通路。结论得到AD相关差异表达基因,为利用模型小鼠进行AD相关机制和治疗研究提供了实验依据。

• 单位
  北京协和医学院; 中国医学科学院医学实验动物研究所