塞内卡病毒CH/ZZ/2016株全基因组测序与分析

作者：韩宇; 王秀明; 张斌; 乌吉斯古楞; 巨敏莹; 刘建奇; 宋庆庆; 关平原^*

来源：中国动物检疫, 2020, 37(12): 108-113.

• 塞内卡病毒
• 全基因组
• 序列分析

为了解塞内卡病毒分离株SVA/CH/ZZ/2016全基因组序列,设计4对相互重叠的特异性引物扩增基因片段,将扩增产物分别克隆至pCE2TA/Blunt-Zero载体并进行测序,拼接校正后获得SVA/CH/ZZ/2016株全基因组。结果显示,该毒株基因组全长7 292 bp,包括5’UTR(670 bp)、ORF(6 546 bp)以及3’UTR(76 bp)。选择国内外其他9株参考毒株序列,对编码区12个基因的核苷酸及编码氨基酸进行比对。结果显示,核苷酸同源性最高的是3B基因,最低的是VP1基因,其余基因的核苷酸序列同源性均在85.2%100%之间。VP1基因遗传进化分析显示,SVA/CH/ZZ/2016株与美国分离株USAILPurdue432016和USAINPurdue36982016株亲缘关系最近,属同一进化分支,与原始毒株SVV-001株亲缘关系最远。对SVA/CH/ZZ/2016株和原始毒株SVV-001 VP1蛋白的氨基酸序列进行比对,发现共有10处氨基酸差异。本研究通过对SVA/CH/ZZ/2016株全基因组测序及分析,为进一步开展SVA分子生物学研究及流行病学调查提供了基础数据。

• 单位
  内蒙古农业大学; 金宇保灵生物药品有限公司