随着2015年试点工作的开展及2017年《行政诉讼法》的修改,行政公益诉讼不仅从理论走向了实践,同时也正式入法。调查取证是行政公益诉讼中的重要一环,同时也是检察机关提起行政公益诉讼的基础。但由于相关法律法规的不完善,行政公益诉讼中检察机关行使调查权存在调查方式单一、配套机制不完善、检察机关民行部门力量薄弱等多种问题。我们应正视这些问题,通过完善行政公益诉讼中检察机关调查权行使方式和配套保障机制,设置公益诉讼部门等方式,为检察机关调查权的行使奠定基础,确保行政公益诉讼目标的实现。