生物信息学方法筛选甲状腺癌潜在的miRNAs生物学标志物及靶基因功能和信号通路分析

作者：赵建英; 王玄; 李云慧; 邱广斌

来源：解放军医药杂志, 2017, 29(12): 5-9.

• 微RNAs
• 甲状腺肿瘤
• 预后
• 生物信息学

目的探讨差异表达miRNAs与甲状腺癌患者预后的关系。方法从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库下载甲状腺癌及甲状腺癌旁组织的miRNAs测序数据和临床信息。采用R程序语言包筛选差异表达的miRNAs。应用Kaplan-Meier(log-rank检验)生存曲线进行生存分析,比较与总体生存率相关的miRNAs与临床参数的关系。利用靶基因分析软件对与总体生存率相关miRNAs的靶基因进行预测,并进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果筛选出差异表达miRNAs共计91个,其中上调miRNAs 86个,下调miRNAs 5个。miRNA-509-3、miRNA-196a-2和miRNA-767与总体生存率呈显著相关(P<0.05)。miRNA-509-3和miRNA-196a-2与临床分期和甲状腺癌类型显著相关(P<0.05)。3种miRNAs的靶基因主要参与细胞黏附、凋亡、细胞周期等生物学过程和与肿瘤相关的代谢通路。结论 miRNA-509-3、miRNA-196a-2和miRNA-767可能在甲状腺癌的发生发展中发挥作用,通过对3种miRNAs的靶基因预测分析,为甲状腺癌发病机制的进一步研究提供基础。

• 单位
  锦州医科大学; 解放军202医院