华重楼种子休眠相关miRNA的鉴定和差异表达分析

作者：张成才; 王红娟; 梁晖辉; 高真; 罗丽娜; 何超; 向增旭^*

来源：中国中药杂志, 2020, 45(24): 5958-5966.

DOI：10.19540/j.cnki.cjcmm.20200922.102

• 华重楼
• 休眠
• miRNA
• 生物信息学
• qPCR

探究华重楼种胚休眠过程中miRNA的表达模式,为miRNA调控种子休眠与萌发机制提供参考资料。利用高通量测序技术、生物信息学分析和实时荧光定量PCR(qPCR)技术,分别对处于休眠和休眠解除时期的华重楼种胚的miRNA进行高通量测序、筛选和鉴定。结果显示华重楼种胚休眠、休眠解除时期4个样本文库中分别有23 811 977,24 276 695,20 611 876,20 601 811条unique序列。miRNA主要分布在21～24 nt,其中在休眠状态长度为24 nt的miRNA数量最多,在休眠解除后的生长发育阶段19 nt的最多。共鉴定出31个已知的miRNA,属于13个不同的家族,并利用生物信息学软件预测到了93个新的miRNA,比较分析休眠维持到休眠释放过程中差异表达的miRNA,筛选出10个差异表达的miRNA(miR156a-5p,miR160a-5p,miR160h-1,miR169a-5p,miR157d,miR159a-1,miR395-3,miR156f-5p,miR156-2,miR171a-3p)。该研究共鉴定出10个与华重楼种子休眠解除相关的miRNAs,GO与KEGG功能富集分析表明,差异表达的miRNA靶基因主要通过碳水化合物代谢、植物激素信号转导、细胞分裂和生长等途径调控种子休眠和萌发,qRT-PCR验证结果显示测序结果和实际结果一致。

• 单位
  南京农业大学