明初设置四川行都司主要目的在于以军卫镇戍边地,至明中后期,随着卫所体系的败坏,开始不断设置文官节制卫所。万历年间持续不断的族群叛乱引发边地动荡,士绅希望通过废除行都司来摆脱武官的统治。四川巡抚也希望通过建府的方式加强对建昌地区的管控,以重整地方秩序。于是顺应舆情,推动“废司建府”运动,经过几番博弈,最终因为财政困境的现实考量未获成功。同时也可以看出,明晚期以卫所为代表的制度化军事力量,对于边疆管理仍然具有非常重要的作用。