一株鱼源致病性嗜水气单胞菌XDMG的全基因组测序及比较基因组分析

作者：郭少华; 毛会丽; 刘征权; 付美媛; 赵平原; 马文博; 李旭东; 关建义^*

来源：生物技术通报, 2023, 39(08): 291-306.

DOI：10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2022-1507

• 嗜水气单胞菌
• 全基因组测序
• 毒力基因
• 外膜蛋白
• O-抗原

探索致病性嗜水气单胞菌XDMG侵染鱼类的作用机制，对其基因组结构、功能和进化关系等基本特征与参考菌株进行比较分析。对嗜水气单胞菌XDMG进行全基因组测序，利用Newbler、SeqMan、Glimmer等软件对测序得到的原始数据进行组装、拼接、注释，再基于看家基因构建系统发育树分析，确定进化关系的基础上，与4株不同地区的嗜水气单胞菌进行基因组的比较分析。嗜水气单胞菌XDMG全基因组序列长4.99 Mb,GC含量为60.84%，共预测到4 935个编码基因，有明确功能的基因有4 137个，发现99个tRNA和3个rRNA;4 061个基因具有直系同源族分类，3 228个基因与基因本体论相关，与代谢通路有关的基因有2 663个；在嗜水气单胞菌XDMG基因组中预测了101个串联重复序列和14个基因岛，具有AI-1、AI-2和AI-3三种QS系统的相关基因。通过基因组对比分析，嗜水气单胞菌XDMG与国内嗜水气单胞菌J-1菌株和美国来源的嗜水气单胞菌AL09＿71菌株具有较近的亲缘关系；在毒力基因、外膜蛋白和O-抗原基因簇的比较中与美国来源的嗜水气单胞菌AL09＿71保守性更高。通过对嗜水气单胞菌XDMG基因组进行较为全面的基因组注释及基因组的比较分析，为嗜水气单胞菌功能基因组学、基因工程疫苗方面的研究提供基础数据。

• 单位
  生命科学技术学院; 新乡医学院