鸡IFITM3基因编码区克隆及生物信息学分析

作者：张贝; 孟婕; 周泽宇; 张夕霏; 张传生; 耿立英^*; 李祥龙

来源：中国畜牧杂志, 2022, 58(10): 223-234.

DOI：10.19556/j.0258-7033.20211029-04

• 鸡
• IFITM3
• 多态性分析
• 错义SNP分析
• 选择压力分析

为探究鸡IFITM(Interferon-Induced Transmembrane,IFITM)3基因SNPs(Single Nucleotide Polym orphisms,SNPs)位点的多态性，挖掘其潜在的功能性位点，本研究对鸡IFITM3基因编码区进行克隆，结合多种生物信息学方法对蛋白nsSNPs(nonsense-SNPs, nsSNPs)位点及基因的选择压力进行综合分析。结果显示：本研究克隆了IFITM3基因编码区，为414 bp，共编码137个氨基酸；该蛋白质为稳定的、非分泌型、疏水性小分子跨膜蛋白，并具有磷酸化、糖基化、棕榈酰化修饰位点。本研究发现5个SNP，其中SNP1在测序鸡种中已经固定，不具有多态性；其余4个SNP的多态性在测序鸡种的群体中存在差异，且都属于中性位点。分析发现：鸡IFITM3基因存在2个nsSNPs位点，其中V103I突变对蛋白的影响程度低，是非保守性的中性位点。H126P突变可能改变位点的氢键数目降低蛋白的分子间作用力，影响蛋白空间结构的稳定性。IFITM3编码区序列十分保守，在禽类的选择压力分析中，只检测到120V位点。综上所述，H126P位点可作为优良鸡种免疫分子选育的潜在功能性位点。

• 单位
  河北科技师范学院