生物信息学分析方法探讨类风湿关节炎患者滑膜病变中的免疫细胞浸润

作者：杨明义; 苏亚妮; 许珂; 郑海石; 依日夏提·艾海提; 蔡永松; 万贤杰; 马宇杰; 许鹏^*

来源：中华风湿病学杂志, 2022, 26(06): 387-3.

• 关节炎, 类风湿
• 滑膜
• 免疫
• 细胞

目的探索RA滑膜病变中的免疫浸润细胞, 为RA的机制及治疗研究提供新的研究方向及治疗靶点。方法从基因表达综合数据库(GEO)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)下载GSE77298、GSE55457和GSE1919三个基因表达数据集, Perl进行数据合并, R的"limma"进行批次矫正。在R中用"CIBERSORT"软件通过"e1071""parallel"和"preprocessCore"3个包获得22种免疫细胞对应RA滑膜组织样本和正常滑膜组织样本的表达矩阵。Perl筛选免疫细胞矩阵中P<0.05的样本。R的"barplot"函数分析22种免疫细胞在P<0.05的样本中的含量百分比。R的"pheatmap"包可视化热图, R的"corrplot"包绘制相关性热图。R的"vioplot"包通过wilcox检验绘制差异小提琴图。结果免疫细胞浸润分析结果表明, 在P<0.05的RA滑膜组织样本和正常滑膜组织样本中, 初始B细胞和未活化的自然杀伤细胞在RA滑膜组织中低表达, 浆细胞、未活化的肥大细胞、M1巨噬细胞、记忆性B细胞和调节性T细胞在RA滑膜组织中高表达。研究还发现在同一样本中, 活化的自然杀伤细胞与中性粒细胞的相关系数(r=0.91)最高, 呈正相关, 两者具有协同效应。在同一样本中, M0巨噬细胞和浆细胞的相关系数(r=-0.88)最低, 呈负相关, 两者具有拮抗作用。结论本研究发现的RA滑膜病变中的免疫浸润细胞为RA的机制研究及治疗研究提供了一定的理论依据和研究方向。

• 单位
  西安交通大学; 延安大学