基于内质网应激相关lncRNA的肾透明细胞癌预后模型构建与药物预测

作者：李渊; 李卓阳; 刘格良; 胡超扬; 贺培凤; 于琦^*

来源：现代泌尿外科杂志, 2023, 1-10.

• 内质网应激
• 肾透明细胞癌
• 预后模型
• 免疫浸润
• 药物敏感性

目的 基于内质网应激(ERS)相关长链非编码核糖核苷酸(lncRNA)构建肾透明细胞癌(ccRCC)患者预后模型,探讨免疫细胞浸润与ccRCC患者预后的相关性,并寻找可用于治疗肾透明细胞癌的新药物。方法 从TCGA数据库获取ccRCC肿瘤与癌旁组织的转录组和临床数据。从MSigDB数据库获取ERS相关基因集。通过Pearson相关性分析筛选ERS共表达lncRNA。通过Lasso回归和单、多因素Cox回归分析筛选有预后意义的ERS相关lncRNA(ERSRL)并构建预后模型。根据预后模型公式计算每个样品的风险值,将患者分成高、低风险两组进行生存差异分析。通过生存曲线、受试者特征曲线、校准曲线评估该预后模型的预测效能。利用CIBERSORT数据库探讨高、低风险组的免疫细胞浸润情况。利用GDSC数据库探讨ERSRL和药物敏感性之间的关系,并筛选对ccRCC具有潜在疗效的药物。结果 筛选得到9个有独立预后价值的IncRNA构建预后模型。Kaplan-Meier分析表明高低风险组之间存在明显生存差异。单、多因素Cox回归分析表明年龄、分级、分期和风险评分可作为独立预后影响因素。训练集风险评分模型1、3、5年生存率的曲线下面积(AUC)分别为0.754(95%CI:0.659～0.848)、0.744(95%CI:0.667～0.815)、0.759(95%CI:0.662～0.820),C-index为0.777(95%CI:0.759～0.796)。免疫浸润结果表明,与低风险组相比,在高风险组中的浆细胞、激活的记忆CD4+T细胞、调节性T细胞、M0巨噬细胞、活化肥大细胞浸润水平高。药物敏感性分析筛选得到AZD8055等12种对ccRCC具有潜在疗效的药物。结论 基于9个ERSRL构建了ccRCC患者的生存预后预测模型。筛选得到AZD8055等12种对ccRCC具有潜在疗效的药物。

• 单位
  山西医科大学