整合生物信息学鉴定宫颈高级别鳞状上皮内病变的关键基因

作者：高铭; 郑沾福; 刘兴华; 林泳煌; 周萍; 何玉清^*

来源：医学综述, 2021, 27(14): 2875-2882.

• 高级别鳞状上皮内病变
• 差异性表达基因
• 生物标志物
• 鲁棒秩聚合法

目的通过多芯片数据整合分析筛选高级别鳞状上皮内病变(HSIL)发生发展的关键基因,鉴定与HSIL密切相关的生物标志物及潜在的药物靶点。方法从GEO数据库下载HSIL的基因表达数据,并通过鲁棒秩聚合法(RRA)获得HSIL组和对照组(正常宫颈组织)之间的差异表达基因,随后进行基因功能注释和蛋白互作网络(PPI)分析,分析这些差异表达基因的生物学功能,鉴定与HSIL密切相关的关键基因。结果共纳入GSE63514、GSE7803、GSE138080和GSE26278四个数据集,共包含105个HSIL样品和56个正常宫颈组织样品。RRA集成分析确定了175个显著的差异表达基因(上调基因77个,下调基因98个),其中最显著上调的基因是细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2A(CDKN2A),最显著下调的基因是富半胱氨酸的C端1(CRCT1)。根据PPI和RRA的结果,最终确定了5个与HSIL密切相关的关键基因,包括CXC趋化因子配体1(CXCL1)、胞嘧啶脱苷酶(CDA)、乳铁蛋白(LTF)、CDKN2A、CRCT1。结论 CXCL1、CDA、LTF、CDKN2A、CRCT1可能作为HSIL的生物标志物,可能为HSIL的早期筛查和个体化治疗提供理论依据。

• 单位
  东莞市妇幼保健院; 广东医科大学; 公共卫生学院