本发明揭示了一种自组装蛋白纳米颗粒及其制备方法和应用。所述制备方法包括:使亚硫酸盐与豌豆蛋白混合,打破豌豆蛋白中的二硫键,暴露蛋白质的疏水性基团;加热所获混合液,使豌豆蛋白之间因疏水作用发生聚集,并重新形成二硫键,形成自组装豌豆蛋白纳米颗粒。本发明提供的自组装蛋白纳米颗粒的制备方法,操作简单,成本低,制备过程中未添加醇类等有机试剂;且制备的自组装蛋白纳米颗粒具有可控的粒径,较高的稳定性,良好的生物相容性等优点。