三焦的形态结构模糊，病变之变证、兼证繁多，故历代医家对于三焦学说都有不同见解。在形态结构方面，历代医家主要继承了《黄帝内经》的三焦“有名有形”论和《难经》的三焦“有名无形”论，在此基础上演变出了脂膜、腔子、腔府、油膜、膜腔、缝隙腠理等学说，并结合现代医学剖析三焦的形态结构。在功能方面，从《黄帝内经》的“决渎之官”“中渎之腑”“传化之府”到《难经》的“三焦为原气之别使”，历代医家大多立足于三焦的气化功能，探讨营卫、少阳、五脏、命门相火、温病等与三焦的相关性。
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