完全自交是程度最强的近亲交配方式，对于研究近亲交配有重要价值。从处于哈迪-温伯格平衡的两对等位基因群体开始完全自交，完全的纯合体基因型频率逐代增加、完全的杂合体基因型频率逐代减少，而半纯合半杂合的基因型频率可能增加也可能减少。研究表明：从两位点整体来看，基因型联合申农熵逐代单调减少，配子间互信息逐代单调增加，近交关联信息系数越来越大，这些信息学指标从整体上反映了群体遗传多样性程度逐渐降低，两性配子信息关联程度越来越紧密，并可以很好地推广到多位点、多等位基因情形。
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