高通量测序确定肠道病毒A71型感染致宿主细胞miRNA表达谱的改变

作者：孙萍萍; 柳雪; 李丹; 任晴; 苏萌; 郭文平; 杜娈英; 王蒋丽^*; 谢广成^*

来源：中华实验和临床病毒学杂志, 2022, 36(01): 1-7.

• 肠道病毒A71型
• 人扁桃体上皮细胞
• miRNA
• 高通量测序

目的确定肠道病毒A71型(Enterovirus-A71, EV-A71)感染人扁桃体上皮细胞后miRNA表达谱的改变。方法 EV-A71以感染复数为1感染人扁桃体上皮细胞6 h后, 采用Trizol提取总RNA, 构建小RNA文库, 在Illumina NextSeq 500平台进行高通量测序, 处理数据后确定差异表达的已知和新型miRNA种类及其靶基因, 进行基因本体和信号途径分析;使用psRNATarget预测具有潜在结合EV-A71基因组的差异表达的miRNA种类。实时定量RT-PCR检测差异表达miRNA的变化倍数。结果通过高通量测序共鉴定61个已知差异表达的miRNA(下调21个、上调40个)和559个新型miRNA, 新型miRNA具有典型的前miRNA的二级发卡结构。实时定量RT-PCR确定hsa-miR-517b-3p和hsa-miR-199a-5p的变化倍数与高通量测序结果基本一致。差异表达miRNA靶基因涉及到不同的生物学过程和信号途径。共鉴定出24个差异表达的miRNA(5个已知miRNA, 19个新型miRNA)具有与EV-A71结合的潜在"种子序列"。结论 EV-A71感染人扁桃体上皮细胞后引起miRNA表达谱的显著改变, 且差异表达的miRNA可能靶向结合EV-A71基因组进而调控EV-A71复制。

• 单位
  承德医学院