纳米载药系统因其可改善药代动力学特性、降低毒性、控制溶出，还具有靶向性，已成为近年来生物医学领域的研究热点。分子模拟是一种新颖的节省资源的预测方法，可用于模拟研究在不同条件下纳米粒子的形成、行为和结构变化的相关信息，其计算结果有助于预测实验所需材料。本综述介绍了不同尺度的模拟方法，包括全原子分子动力学(AAMD)、蒙特卡洛(MC)、粗粒分子动力学(CGMD)和耗散粒子动力学(DPD)方法，并对其理论基础及最新模拟进展进行了阐述。
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