超声组织快速处理技术对小活检组织二代测序质控参数的影响

作者：石晨曦; 李秀明; 陈志; 黄山; 朱卫东; 郭凌川^*

来源：临床与实验病理学杂志, 2023, 39(01): 112-114.

DOI：10.13315/j.cnki.cjcep.2023.01.024

• 超声组织快速处理技术
• 小活检组织
• 二代测序
• 质量控制

目的 探讨超声组织快速处理技术对小活检组织二代测序(next-generation sequencing, NGS)相关质控参数的影响。方法 收集苏州大学附属第一医院2019年9月～2022年6月采用超声快速系统处理的26例小活检标本，其中肺癌8例，淋巴瘤15例，肠癌3例；另收集82例采用传统常规组织处理程序处理的小活检标本作为对照，其中肺癌11例，淋巴瘤68例，肠癌3例。HE切片肿瘤组织占比评估合格后提取DNA进行NGS检测，分析两者病理质控、抽提质控、建库质控、上机质控及数据分析质控等的一致性。结果 与传统常规组织处理程序相比，使用超声快速处理技术处理的小活检标本DNA片段降解程度相对较高，预文库总量、平均测序深度、文库多样性、插入片段长度、覆盖均一性、序列回贴比率、碱基质量Q30占比等质控参数结果相近。结论 超声组织快速处理技术能够高效地缩短组织处理时间，可应用于小活检组织NGS检测的前期处理。

• 单位
  苏州大学附属第一医院