多物种A-to-I编辑事件的可视化注释数据库

作者：陈秋臻; 赵诚辉; 范皎; 欧阳张翼; 袁增强; 任超^*; 丁琳^*

来源：军事医学, 2021, 45(02): 92-99.

• RNA编辑
• 数据库
• 基因组
• 多物种
• 可视化

目的构建涵盖多物种,并提供精确、可视化注释信息的A-to-I编辑事件的数据库。方法用多种方法收集9个项目中包含7个物种超过230万个RNA编辑位点,将数据整合并上传至MySQL数据库。利用Django、Bootstrap和Echarts等框架,在阿里云服务器搭建数据库平台。结果 dbRED数据库(https://dbred.bioinfotech.org)整合了基因组和表观基因组注释,并能跨组织/细胞系/物种分析RNA编辑位点。此外,dbRED允许用户在交互式和可视化界面中浏览感兴趣的A-to-I RNA编辑位点的注释。结论 dbRED数据库易于访问、数据量庞大、搜索便捷,将会成为在基因组和表观遗传学背景下,探索A-to-I改变的功能性结果的有用资源。

• 单位
  南华大学; 解放军总医院