鸡MAPK8生物信息学分析及慢病毒干扰载体效率检测

作者：胡菜; 王颖洁; 靳锴; 吴宇慧; 赵宗仪; 李熠; 张亚妮^*

来源：中国家禽, 2022, 44(03): 17-22.

DOI：10.16372/j.issn.1004-6364.2022.03.003

• 鸡
• MAPK8
• 生物信息学分析
• 慢病毒干扰载体

研究旨在对鸡胚胎干细胞（Embryonic stem cell,ESC）向鸡精原干细胞（Spermatogonial stem cells,SSC）分化过程中显著差异基因——丝裂原活化蛋白激酶8(Mitogen-activated protein kinase 8,MAPK8)进行生物信息学分析，验证MAPK8慢病毒干扰载体活性及干扰效率，为后期验证MAPK8在ESC向SSC分化过程中的调控方式以及功能研究奠定基础。试验采用RNA-seq和qRT-PCR分析和检测鸡ESC、PGC和SSC的差异表达基因；利用生物信息学在线预测软件对其进行理化性质及结构特征分析；比较鸡MAPK8基因序列与其它物种的同源性并进行组织表达谱检测；验证MAPK8慢病毒干扰载体的活性与干扰效率。结果显示：MAPK8在SSC上特异高表达；生物信息学分析显示鸡MAPK8是一种亲水性的无信号脂溶性蛋白，存在2个N-糖基化位点、13个O-糖基化位点和45个磷酸化位点，与其它物种高度同源（序列一致性达到80%），保守性较高；表达谱分析发现其在性腺中高表达；MAPK8慢病毒干扰载体能够稳定表达EGFP荧光蛋白且shRNA-1干扰效率最佳。该结果为深入探究MAPK8在鸡ESC向SSC分化过程中的功能奠定了基础。

• 单位
  江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室; 扬州大学; 温州肯恩大学