HLA新等位基因A*24：191序列及其MHC编码蛋白分子三维结构模拟预测分析

作者：聂向民^*; 朱传福; 朱海峰; 刘艳; 邵静茹; 乔文本

来源：中华医学遗传学杂志, 2022, 39(05): 505-509.

• 人类白细胞抗原
• PCR-SBT
• 新等位基因
• 结构预测

目的鉴定分析人类白细胞抗原(human leukocyte antigens, HLA)新等位基因A*24:191序列, 并对其MHC蛋白分子三维结构及其氨基酸残基改变在空间结构中的可能影响进行模拟预测分析。方法应用Luminex及PCR-SBT进行序列鉴定。应用Phyre2及RCSB PDB分析软件, 对其MHC蛋白分子三维结构进行模拟预测分析。Histocheck对比分析与A*24常见等位基因间差异。结果相较A*24:02序列, 新等位基因A*24:191在256、265、270位发生G>C、G>C、A>T改变。MHC分子三维结构预测分析显示, 相较HLA-A*24:02, A*24:191第62位氨基酸残基由A*24:02的酸性谷氨酸(Glu)改变为中性谷氨酰胺(Gln), (Risler’s score, R=2), 其残基侧链伸展方向都为自α螺旋向外指向groove凹槽;65位由向α螺旋内伸展小分子中性甘氨酸(Gly)改变为向螺旋上外伸展的长链碱性精氨酸(Arg)(R=52); 66位由长链碱性赖氨酸(Lys)改变为中性天冬酰胺(Asn)(R=31), 伸展方向都为自α螺旋指向groove凹槽。以上残基均位于构成抗原肽结合凹槽侧壁α螺旋上。其总相异性值DSS Score=3.85。从蛋白分子表面结构模拟图像上, 可以清楚看到氨基酸残基改变致α螺旋表面结构形状发生明显改变。结论分析预测以上氨基酸残基性质、大小及构型的改变, 将可能改变其多肽结合功能, 并影响其与TCR及抗体的结合特性。

• 单位
  山东省血液中心