马克斯克鲁维酵母FIM1基因组分析

作者：罗通宇; 曾俊源; 吕奕琳; 周峻岗; 余垚; 吕红^*

来源：复旦学报(自然科学版), 2022, 61(03): 303-316.

DOI：10.15943/j.cnki.fdxb-jns.2022.03.004

• 马克斯克鲁维酵母
• 基因组校验
• 基因组注释
• 比较基因组学

马克斯克鲁维酵母(Kluyveromyces marxianus)是一种富有潜力的新型细胞工厂宿主菌。K.marxianus FIM1(CGMCC No.10621)基因组组装与注释已于2019年完成并在NCBI上公布(GCA＿001854445.2),但在应用该基因组信息时发现其仍不完善。所以本研究使用重测序的DNA-seq数据校验了K.marxianus FIM1的基因组序列，随后补充了K.marxianus FIM1的注释，并使用比较基因组学的方法进一步完善了K.marxianus FIM1的基因组信息。根据重测序比对结果，删除了测序数据无法覆盖的位点61处，共4 910 bp。K.marxianus FIM1新序列总长为10 909 543 bp,可覆盖酵母目保守基因库中99.5%的基因。同时对K.marxianus FIM1的非编码RNA、次级代谢产物基因簇的也进行了补充注释。进一步，我们使用基因组共线性分析的方法分析了K.marxianus FIM1在物种分化过程中基因排列顺序保守的区域，并将K.marxianus FIM1与NCBI公布的11株K.marxianus进行了种内基因组比较。发现12株K.marxianus早在约180万年前分化为两个亚型，它们共有的同源基因家族有4 009个，基因组中核心基因平均占比为79.88%,预测K.marxianus为闭合型泛基因组，核心基因数为3 760个，为K.marxianus FIM1遗传学的研究与遗传工程的改造提供了数据支持。

• 单位
  遗传工程国家重点实验室; 生命科学学院; 复旦大学