栽培型向日葵叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

作者：王雪; 马军; 杨学文; 张跃华

来源：分子植物育种, 2021, 1-8.

• 向日葵龙赏葵1号
• 叶绿体基因组
• 密码子

以栽培型向日葵龙赏葵1号为供试材料，筛选出51条叶绿体基因组CDS，进行密码子使用特征分析。利用Codon W 1.4.2、SPSS和在线软件CUSP，进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析，并筛选最优密码子。结果显示：龙赏葵1号向日葵叶绿体基因组密码子各位置GC含量为GC1 （47.14%）>GC2 （39.44%）>GC3 （28.42%），密码子末位碱基以A/T为主；ENC取值范围为39.13～59.17，ENC＞45的基因共有38个，密码子使用偏好性较弱；RSCU>1的密码子有30个，其余29个以A/U结尾，偏好性明显；相关分析发现，其密码子使用偏好主要受自然选择影响；高频和高表达相结合的方法确认12个密码子为最优密码子，分别为：CUU、AUA、CCA、ACU、GCU、UAU、UAG、CAU、AAA、GAU、AGU、GGA。

• 单位
  生命科学学院; 佳木斯大学; 黑龙江省农业科学院经济作物研究所