‘龙岩野柿1号’雄花和两性花花芽的转录组SSR特征分析

作者：李树战; 王艺儒; 孙鹏; 李华威; 傅建敏^*

来源：中南林业科技大学学报, 2022, 42(09): 171-186.

DOI：10.14067/j.cnki.1673-923x.2022.09.018

• 龙岩野柿1号
• 花芽转录组
• SSR
• 位点信息

【目的】旨在了解雄全同株性别类型‘龙岩野柿1号’雄花和两性花花芽转录组中的SSR位点及序列特征，为SSR分子标记开发提供理论依据。【方法】基于雄全同株种质‘龙岩野柿1号’花芽分化的两个形态学关键时期的雄花和两性花花芽转录组序列，运用MISA软件的默认参数即单碱基类型SSR重复数≥10、双碱基类型重复数≥6和三、四、五、六碱基类型重复数≥5对转录组获得的unigenes序列中的SSR位点进行搜索，分析SSR位点的序列特征。【结果】对‘龙岩野柿1号’转录组的82 910条unigenes进行搜索，共在25 349条unigenes上获得了38 751条SSR序列，发生频率为30.57%，出现频率为46.74%，平均每2.94 kb会出现1个SSR序列；双碱基重复类型SSR位点数目最多，占总SSR数的50.59%，单碱基重复类型SSR数目次之，占比24.59%；单碱基重复至三碱基重复类型的优势重复基元分别为A/T、AG/CT和AAG/CTT，分别占比22.8%、35.15%和7.77%，四碱基重复至六碱基重复类型的优势重复基元分别为AAAG/CTTT、AAAAG/CTTTT和AGGGCG/CCCTCG，占比分别为0.45%、0.09%和0.05%;SSR位点的基元重复次数以5～20为主，序列长度变化范围较大，为10～94 bp，共有11 731个SSR位点的序列长度≥20 bp，占比为30.27%。【结论】‘龙岩野柿1号’花芽的转录组中SSR位点丰富，具有较高的多态性，在柿属植物性别类型相关的分子标记开发、分子标记辅助育种和遗传多样性分析中具有较大的应用潜力。

• 单位
  中南林业科技大学; 中国林业科学研究院