"上下交损,当治其中"由叶天士提出,体现了中医学的整体观念与重视脾胃的学术思想。基于肠道菌群分析中医学"上下交损,当治其中"治法的理论依据,从心-肾轴、脑-肠轴、肺-肠轴、肝-肠轴对肠道菌群在"上下交损"疾病中的作用进行科学阐释,并从"治中"入手,论述调节肠道菌群在慢性、多系统、复杂疾病防治中的应用,以期运用微生物组学阐释中医学理论与作用机制。