胃癌中新颖hsa＿circ＿0003071的特征、功能及预后分析

作者：黄伟; 周新科; 林铭珍; 肖瑶; 梁敏; 姚文霞^*

来源：广州医科大学学报, 2022, 50(03): 21-31.

• SPATS2L
• hsa＿circ＿0003071
• miRNA
• 功能预测
• 预后分析

目的：研究胃癌中环状RNA hsa＿circ＿0003071的基本特征、功能预测及生存预后分析。方法：通过PCR扩增验证胃癌与癌旁组织中hsa＿circ＿0003071的表达量，利用PCR扩增及一代测序验证hsa＿circ＿0003071反向剪接位点，利用核糖核酸酶R(RNase R)处理，细胞质细胞核RNA分离和定量PCR以及蛋白质翻译的潜能分析研究hsa＿circ＿0003071的基本特征。利用生信方法预测hsa＿circ＿0003071上微RNA(miRNA)的结合位点以及miRNA的靶基因，并构建circRNA-miRNA-mRNA网络，随后利用基因本体论（GO）及京都基因和基因组百科全书（KEGG）对miRNA的下游靶基因合集进行功能注释。结合生信方法获得hsa＿circ＿0003071调控的下游关键靶基因在胃癌的生存预后分析。结果：PCR实验证实胃癌中hsa＿circ＿0003071的表达量显著低于癌旁组织。CircBase注释显示hsa＿circ＿0003071是由基因SPATS2L转录本NM＿001100422中第6号外显子经反向剪接构成，并且PCR扩增和一代测序共同验证了hsa＿circ＿0003071的反向剪接位点。hsa＿circ＿0003071可以抵抗RNase R处理，并且主要分布于细胞质。蛋白质翻译分析显示，hsa＿circ＿0003071具有翻译蛋白的潜能，其开放阅读框可能编码含124个氨基酸的蛋白质。生信预测显示hsa＿circ＿0003071具有多个miRNA结合位点，取数据库交集的两个miRNA(has-miR-604、has-miR-1205)预测其下游靶基因共148个，随之构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络。GO分析结果显示，上述靶基因合集分别在12个生物学过程条目和2个分子功能条目中显著富集；KEGG通路分析结果显示，上述靶基因合集在mRNA监测通路和Hippo信号通路显著富集。结论：本研究分析了胃癌中新型环状RNA hsa＿circ＿0003071的表达量、反向剪接位点、RNase R酶的抵抗性和主要分布在细胞质等基本特征，从蛋白质翻译、circRNA-miRNA-mRNA调控网络和环状RNA下游调控关键基因在胃癌中的预后生存分析角度为hsa＿circ＿0003071的功能研究提供了新的方向。

• 单位
  广州医科大学附属第五医院