以流域范围内的行政区为研究对象,创新的将水足迹法、生态系统服务价值法引入到流域生态补偿主客体识别领域,对比并分析了流域地理位置识别法、水足迹法、生态系统服务价值法在识别流域生态补偿主客体的优缺点与使用范围。在此基础上,提出流域生态补偿主客体识别方法选择与应用的相关建议。