本发明公开了一种基于小孔原位取样接口的离子源系统及小型化质谱仪,其小型化质谱仪采用本发明离子源系统作为离子源。仅采用真空离子源,其中真空离子源与待测样品通过小孔连接,可适用于气态样品的检测。本发明提供的质谱仪利用小孔作为原位取样接口,其流导在工作时保持恒定,可以对取样过程中的质量歧视效应进行定量标定,取样传输路径短,因此可以快速响应,采用内部电离可以增加检测装置中的离子数量,且可以实现连续进样保证真空度的稳定性,提高质谱仪的扫描速度。