本文依据应用型本科高校转型发展的要求,结合近三年生物信息学课程教学实践,从课程存在的师资匮乏、人才培养目标模糊、缺乏合适的书籍等问题,提出生物信息学课程改革需要从完善课程培养目标与教学大纲、加强上机操作并改革考试方式以及探索双语多媒体教学等方面入手,以使改课程符合应用型本科高校培养应用型专门人才的目标。