大熊猫9个BAC的测序、注释和进化分析

作者：郑杨; 蔡晶; 李建文; 李波; 林润茂; 田凤; 王晓玲; 王俊

来源：中国科学C辑:生命科学 , 2009, (10): 933-939.

DOI：10.1360/zc2009-39-10-933

• 大熊猫
• BAC文库
• Sanger测序
• 组装
• 注释
• 进化

本文构建了相当于大熊猫10倍基因组覆盖度的BAC文库,并随机挑选了其中9个BAC进行测序和组装,9个BAC的选择满足更多基因更少重复序列的原则.这9个BAC的组装将为评估基于新一代IlluminaGA测序技术的大熊猫全基因组测序及组装的准确性提供有效资源.运用同源比对和从头预测的方法,对9个BAC,共约878kb的序列进行了基因和重复序列的注释以及进化分析.一共预测到12个蛋白编码基因,其中,7个基因匹配到同源基因的功能注释.这7个基因平均大小约41kb,编码区平均大小约1.2kb,每个基因平均约含6个外显子.同时预测到7个tRNA基因.大约27%的序列被注释为重复序列.同时,基于邻接法,构建...

• 单位
  中国科学院昆明动物研究所; 中国科学院北京基因组研究所; 中国科学院研究生院; 华南理工大学; 深圳华大生命科学研究院; 生物科学与工程学院; 遗传资源与进化国家重点实验室