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摘要
目的 基于新冠Spike蛋白抗原抗体复合物结构数据，探究表位与抗体的空间识别关系。方法 基于718对新冠Spike蛋白抗原抗体复合物结构数据，首先分析抗原表位分布的热点区域及抗体基因片段使用偏好性；其次对抗原抗体结合界面提取抗原空间表位和CDR结构，分别构建抗原空间表位的相似性聚类树以及对应抗体重链CDR结构的相似性聚类树，通过比较对应聚类树之间的相似性评估抗原空间表位与抗体CDR结构的整体识别关系。结果 表位位点中94.02%分布于RBD,4.44%分布于NTD，且前10位热点位置均分布于RBM；抗体VJ基因的偏好性片段为IGHV3-30/IGHJ4和IGHV1-58/IGHJ3。空间表位聚类树与对应抗体CDR结构聚类树之间的相似性显著高于随机聚类树，提示表位与CDR结构存有内在关联。进一步分析数据发现，免疫原性相似的抗原表位，会被结构相似的CDR结构识别，且CDR3结构的贡献最大。结论 从目前数据来看，表位位点分布以RBD区域为主，抗体IGHV3-30/IGHJ4和IGHV1-58/IGHJ3片段突出，相似的抗原空间表位会被相似的CDR结构识别，这些发现为后续的新冠病毒抗体设计及优化提供一定的理论支撑。
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